復雜離散制造過程的部分定義包括“變化”。工程師訂購需要很長時間生產并且具有復雜性質的產品，如戰斗機或衛星，在整個生產過程中經歷頻繁變化，變革管理至關重要結合技術突破只是影響過程中單元的變化的一個例子。將工程系統與制造執行系統(MES)聯系起來是確保這些變更得到改進，記錄并及時傳達給需要了解它們的機械師的關鍵，還應捕獲并存儲客戶與制造商之間的通信和迭代。
許多公司需要MES來支持可以在某些序列號或日期切入的產品修訂管理。MES也可能是支持各級物料清單(BOM)組件配置代碼管理所必需的。流程計劃也應受版本控制，并能夠交叉參考物料清單，插圖和程序，MES系統可以通過影響評估工具和使用過的查詢進一步幫助這種交叉引用，引導用戶完成流程計劃和工作訂單修訂。
通過使用標準操作庫和標準說明文本，可以輔助工作實踐的標準化和將工作指令編寫到過程計劃中。這些可重復使用的指令庫可以進一步提高效率。他們需要提供方法來批量更新工作計劃和工作單，同時保留庫條目和引用它們的文檔之間的交叉引用和修訂控制。MES還可以為外部鏈接系統中尚未進行版本控制的附加文檔提供文檔控制功能。
將工程系統與制造系統集成的好處包括將工程設計變更正確地納入制造過程定義，過程中的產品可以使用新的工程修訂級別進行適當更新，并幫助確保“內置”配置與“內置”配置相匹配'按設計'配置。
工程變更需要快速處理，因為當延遲變更增加廢品和返工時，成本可能會增加。集成系統通過刪除大部分手動文書工作調查并關閉工程和制造之間的循環來加速變更過程，從而改善雙向溝通。最后，集成系統還有助于提供文檔，支持質量和合規性要求。
