在MES系統實施過程中，由于各企業情況不同，必然會存在一些無法滿足企業需求的情況，這就需要進行對MES系統的二次開發。MES需要再次通過客戶化、功能增強、功能修改、本地化和接口去滿足客戶特定要求。固化而不僵化，唯有將系統的定義置于靈活的需求制導引擎中，不僅開發階段如此，維護階段也是如此。用得好的，就保留、加強，用得不好的，就去除、完善。
一、進行MES系統二次開發的必要性
從廠商的角度來看，由于MES系統功能越來越大，MES系統軟件功能需要不斷升級提升，一旦用戶有新的需求，廠商需要重新去定義開發，牽一發而動全身。因此廠商為了適應客戶需求，需要將MES系統各個模塊分開定義，把一些核心的、穩定的功能沉淀在MES平臺上，而把敏捷的功能一旦客戶有新的模塊需求，廠商只需將該模塊添加即可，用戶可以自主選擇合適的功能。
從用戶角度來說，隨著企業的發展，用戶需求越來越多，交付要求越來越快，而現有的功能遠遠不能滿足現有的生產要求，隨即二次開發不可避免。
二、進行MES系統二次開發的風險
1.增加系統升級難度
MES供應商會階段性的對系統新功能進行完善與擴充，不斷推出新版本。系統的升級只針對標準版，不會考慮到個性化和二次開發的部分，所以二次開發工作大部分要重新修改或者開發。
2、降低系統穩定性
成熟MES軟件具有較高的穩定性。而二次開發只對單一用戶，某局部的更改往往因為滿足特殊需求而沒有考慮對全局的影響殃及整個系統的穩定性，并且二次開發的測試和試運行時間有限，系統復雜度以及耦合度增大，降低系統的穩定性。
3、偏離企業實施MES系統的初衷
二次開發需求往往會使MES系統合理的邏輯屈服于企業固有的、習慣的工作方法，也會因提高不同部門員工使用系統的效率，而影響流程的穩定性。企業無法借鑒系統優化流程，學習先進管理模式。
4、增加MES項目的成本
二次開發只針對唯一用戶，所以這些程序開發的全部成本由其承擔，即使用企業自行二次開發，也要投入人力、物力，必然會增加MES項目的成本。
效率科技MES系統具備豐富的擴展性和易開發性。效率科技MES開發團隊可以切實的幫助客戶提高質量、提升效率、降低成本。
