制造企業在推進智能制造的過程中，MES主要是解決的車間層面的管理問題，而在解決問題的過程中我們還會面臨很多問題。
第一，傳統制造企業的裝備不具備數字化接口的問題，要想實現智能制造，設備系統之間必須能夠對話、互相了解信息。如果企業設備沒有任何跟外部交互的能力就會帶來很大的問題。所以企業上線MES面臨的第一個問題就是傳統裝備的升級換代或者數字化改造，只有實現這一步傳統的裝備在與MES對接的時候，就能接收到管理系統的指令，也能把設備狀態返回到管理系統。
第二，MES是中間銜接過程的軟件，是管理跟制造的一個結合點，所以會面臨集成的問題。那么MES要與企業的管理系統、ERP系統相集成，然后MES與PDM系統的機床能接觸到企業的生產訂單，在車間內部排產，將車間內部開展的一些關鍵工序的完工情況、質量情況的回傳到ERP系統。很多企業會把MES跟車間的現場管理結合起來，所以說精益生產，其中也會涉及到PDM系統里面的物料。企業的生產組織模式，由以前的推式生產，然后提升為拉式生產，這樣的話就需要一些物料信息也跟MES系統結合起來，所以信息系統的提升問題也是一個很大的難點。
第三，MES系統本身不是一個很規范很標準的系統，要根據企業的情況、車間的情況進行高度的定制，所以MES實際上是一個高度定制化的軟件，并且與相關設備的集成也是高度定制化。根據企業的實際應用情況，目前國內MES市場還處于良莠不齊的狀態，軟件本身功能可能還有一些缺陷，所以有的企業實施完以后看不到效果，或者提升不大，也可能會更麻煩。對于企業來講，如果MES沒有實施好的話，有可能會把老的生產管理模式，包括一些傳統的陳舊的落后的生產管理模式固化到MES系統里面，這樣的話只會讓企業更為混亂，甚至最后可能會引起企業生產效率更為低下、工人制造過程更復雜的問題，所以MES本身的實施也充滿各種挑戰。
